Физико-химические свойства образующегося во время нейтрализации мыла влекут за собой два последствия. На весьма развитой поверхности мыльных хлопьев адсорбируется значительное количество примесей, содержащихся в масле, в частности, красящих веществ. В процессе коагуляции мыло захватывает и осаждает механические взвеси. Таким образом, в результате щелочной рафинации происходит попутно и осветление масла, иногда весьма значительное , и удаление мути: масло становится значительно более прозрачным.

Мыло обладает большой эмульгирующей способностью. Вследствие этого небольшие количества водного раствора мыла оказываются заэмульгированными в масле, откуда их можно удалить только отмыванием; значительно большие количества масла оказываются заэмульгированными в водно-щелочной среде и вместе с мылом и прочими адсорбированными и коагулированными примесями оседают на дно реакционного сосуда. Этот отстой, содержащий средние и кислые мыла, воду, ряд примесей, некоторое довольно значительное количество жира, носит название соап – стока. Из различных щелочей, которые можно использовать для нейтрализации жиров, практически применяют почти исключительно каустическую соду, т. е. технический едкий натр. Из других щелочей, казалось бы целесообразно применять углекислые щелочи, например, кальцинированную соду, более дешевую, чем каустическая сода, и поташ, в некоторых местах доступный, поскольку он получается из золы стеблей масличных же растений . К тому же эти углекислые щелочи имеют то преимущество перед едкими щелочами, что они не омыляют нейтрального жира. Однако они имеют очень значительный недостаток. При их взаимодействии с жирными кислотами выделяется, как видно из реакции , углекислый газ. Пузырьки газа, прилипая к маленьким хлопьям мыла, или удерживают их во взвешенном состоянии в масле, или подымают их на поверхность масла; часть же соапстока садится на дно. Таким образом, четкого отделения соапстока от масла и оседания его на дно не происходит, что и усложняет работу разделения фаз.