Метод нейтрализации или щелочной рафинации основан на общеизвестной реакции нейтрализации кислот щелочами  или окислами щелочноземельных металлов: Существенно важным является то обстоятельство, что образующиеся в результате такой нейтрализации соли  не дают молекулярных растворов в маслах. Они только в небольшом количестве могут задерживаться в масле в форме коллоидного раствора. К тому же, наряду со средними мылами общей формулы R-COONa, образуются еще и так называемые кислые мыла или за счет неполной нейтрализации жирных кислот: Соотношение компонентов в сложной молекуле кислого мыла может быть различным, поэтому кислым мылам приписывают общую формулу: Повидимому, они несколько растворимы в масле. Их приходится удалять отмыванием. Для всех мыл  в результате их набухания растворимость в масле уменьшается. Коллоидальный раствор мыла в масле может коагулировать, что приводит к образованию мыльных хлопьев и отделению мыла от масла. В связи с тем, что многие другие компоненты масла имеют кислый характер или во всяком случае содержат в составе своих молекул кислые функциональные группы , они тоже вступают в реакцию со щелочью; поэтому щелочь еще расходуется на взаимодействие с белками, со слизями и с красителями, например, с госсипо – лом хлопкового масла. Этот последний содержит в своей молекуле шесть гидроксильных групп, из которых две имеют ясно выраженный кислотный характер. Есть основания считать, что под действием щелочи госси – пол не только нейтрализуется, но частично и разрушается.

Наконец, щелочь может вступать во взаимодействие и с фосфатидамилецитинами и кефалинами.

Все сказанное подтверждает целесообразность проведения перед щелочной нейтрализацией предварительной гидратации, в результате которой из масла удаляются белки, слизи, фосфатиды, отчасти липохромы , вследствие чего снижается общая кислотность масла и сокращается расход щелочи на нейтрализацию на 10—20% и более.