Маргарин обычно хранят на одногородних складах-холодильниках, а если таких нет, то на складах-холодильниках, которые специально для этой цели строят при самом маргариновом заводе, так как выработка холода на маргариновом заводе все равно производится.

Оптимальная температура хранения маргарина 0—2° и не выше 4°. При этой температуре приостанавливается жизнедеятельность микроорганизмов. Охлаждение камер холодильного склада до указанных температур и поддержание такой температуры осуществляется циркуляцией рассола-холодоносителя в трубчатых батареях, установленных вдоль стен или подвешенных к потолку помещения. Для сокращения утечек холода стены, пол и потолок таких помещений покрывают термоизоляционным слоем. В тех же целях окон в них не делают. Воздух в складе сменяют, по крайней мере, два раза в сутки или за счет естественной вентиляции — через двери, или путем искусственной вентиляции. На ускорение порчи маргарина в процессе хранения могут влиять некоторые неправильности, допущенные в процессе его приготовления. Так, при слишком твердой жировой основе и плохой механической обработке маргарина он получается крошливым. При укладке в деревянную тару, как бы тщательно ни набивали маргарин, в нем остаются трещины, в которых скапливаются вода и воздух, и развиваются плесени. При плохом эмульгировании, недостаточной активности эмульгатора и плохой механической обработке, следствием чего является недостаточно тонкое диспергпровапие молочноводной фазы, она оказывается плохо связанной с жировой фазой, вытекает в виде крупной слезы и смачивает стенки деревянной тары, на которых могут развиться плесени. Наоборот, при чрезмерно интенсивной механической обработке, протекающей при доступе воздуха, происходит вработка большого количества пузырьков его, чем вносится в массу маргарина значительное количество бактерий. Кроме того, вид маргарина портится, приобретает неприятную, чрезмерную белую окраску; консистенция становится салистой.