На гидрогенизационные заводы обычно доставляются сырые жиры и масла, рафинационная обработка которых на жиродобывающих заводах в большинстве случаев ограничивается отстаиванием или фильтрованием. Исключение представляет хлопковое масло, которое в основном рафинируют на маслобойных или маслоэкстракционных заводах. Но даже и рафинированные масла на гидрогенизационных заводах иногда рафинируют, чтобы очистить от возможных загрязнений в пути или чтобы снизить коэфициент кислотности. Частично черное хлопковое масло направляют на гидрогенизационные заводы, где его подвергают рафинации. Нерафинированные жиры содержат посторонние примеси, наличие которых нежелательно по двум основным причинам. Во-первых, они могут прямо или косвенно оказывать неблагоприятное влияние на скорость гидрогенизации, например за счет прямого отравления ими катализатора, путем образования катализаторных ядов при термическом или гидролитическом распаде примесей  или вследствие изоляции частиц катализатора от жира в результате покрытия их поверхности плотным слоем примесей . Во-вторых, примеси могут оказывать нежелательное влияние и на качество получаемого саломаса —на его цвет, запах, кислотность. В силу этих причин жиры перед гидрогенизацией обязательно рафинируют. Рафинация производится различными методами, подробно описанными в главе этой книги «Рафинация жиров». Поэтому детали рафинации жиров в данном разделе не излагаются и лишь перечисляются применяемые в разных случаях приемы ее и особенности, связанные со специфическими задачами гидрогенизации.

На советских гидрогенизационных заводах чаще всего перерабатывают подсолнечное и хлопковое масла. В Дальневосточном крае часто гидрогенизируют еще соевое масло, китовый п ивасевый жиры, на заводах Европейской части Советского Союза еще рапсовое масло и в последнее время заметное количество китового жира. В большинстве случаев гидрогенизационпые заводы перерабатывают те жиры и масла, в зоне производства которых они расположены.